妻木晩田遺跡が所在する晩田山（ばんだやま）丘陵に古墳や竪穴住居が存在することは古くから知られており、1931年には現在の松尾頭地区において県内で初めて竪穴住居跡の発掘が行われています。
1990年代になると、晩田山丘陵でリゾート開発が計画され、開発の事前調査として大規模な発掘調査が行われることとなりました。
調査は1992年から1998年まで行われ、17万平方メートルにも及ぶ広大な範囲の発掘調査により、弥生時代後期を中心とする大規模な集落遺跡の実態が明らかとなりました。次々と姿を現す多くの重要な遺構を前に、地域の文化財を守ろうという機運が高まり、とりわけ洞ノ原地区で四隅突出型墳丘墓群が発見されたことをきっかけとして、市民や研究者らによる遺跡の保存運動が展開されました。
その後、開発か保存かをめぐる協議が関係機関により繰り返し行われ、最終的に1999年4月に開発の中止と遺跡の全面保存が決定されました。そして、同年12月には、従来個別の遺跡名で呼称されていた洞ノ原遺跡等が地区名に改称され、6地区全体が「国史跡妻木晩田遺跡」として恒久的な保存が図られることとなりました。
史跡指定後は、洞ノ原地区を公開するための初期整備が行われ、続いて妻木山、妻木新山、仙谷地区の整備により順次公開範囲を拡大し、2011年度にて当面の公開エリアの整備を終了しました（第１期整備前期）。その後、未公開エリアの環境整備や管理道の整備のほか、公開エリアの再整備や設備改善などと並行して、第２期整備後期の準備を進めてきた。そして、2021年度から第一期整備後期の事業に着手し、仙谷地区の整備に取りかかっています。
一方、広大な面積が発掘調査されたとはいえ、遺跡全体からみれば約一割を調査したに過ぎず、まだ分からないこともたくさん残されています。このため、当時の集落や社会の実態を明らかにすることを目的とした発掘調査を継続して行っています。
