昭和６１年度に作業療法部門が開設となり、作業療法士１名でスタートする。

昭和６３年度に小児療育センターとなり、作業療法部門でも外来児の割合が増加する。平成元年度に作業療法士が２名、平成１３年度に３名となり現在に至っている。

　平成元年より小集団の「わくわく教室、のびのび教室」が開始となり、重度重複障害児、肢体不自由児の小集団訓練を行った。現在は「わくわく教室」として保育士、児童指導員、言語聴覚士、看護師と共に発達障害児に対する小集団活動を行っており、発達支援、保護者支援、保育園等への支援を行っている。

　平成３年度より短期入所、母子入所が開始となり、評価、ホームプログラム作成、訓練指導、母子分離等を主な目的として行っている。

　平成５年度から高等部を卒業後の青年学級が開始となり上肢・手指機能の維持、趣味・興味の開発・拡大等を目的に行った。現在は社会参加部が担当している。

　平成１５年度から発達障害児の学童小集団活動として「がやがやクラブ」が開始となり医師・児童指導員・言語聴覚士に加え、平成１６年度から作業療法士も加わり、ソーシャルスキルトレーニングを行っている。

　平成１５年７月から肢体不自由児通園が開始となり兼務で１名の作業療法士が当たっており、認知機能・上肢機能等一人一人に考慮しながら集団の保育活動や日常生活の中で活かしていけるように保護者、スタッフ、保育園等と協力しながら行っている。

　平成１７年７月から重症心身障害者（児）通園が開始となり兼務で１名の作業療法士が当たり、感覚入力、自動運動の誘発、表出・活動・社会性の広がり、日常生活動作、介助の軽減等へのアプローチを行っている。

　入所児童の訓練では、病棟内訓練・集団訓練の形で生活関連動作訓練・家庭訪問等も行っている。

　外来児童の訓練では、地域支援として保育園、幼稚園、学校等へ行き、支援、連携を積極的に行っている。

　近年発達障害児の割合が増加し、ＬＤ、ＡＤＨＤ、自閉症が対象となることが多くなり、感覚統合療法、ＴＥＡＣＣＨ等を取り入れ訓練を行っている。

S６３年、県立整肢学園から皆生小児療育センターに改称され、外来部門新設と共に、専任の言語療法士による外来・入所児の言語聴覚療法が開始された。H１３年言語聴覚士１名の増員により、H１８年３月現在３名の言語聴覚士が言語聴覚療法に従事している。

　入所の言語療法対象児は当初、軽度〜中等度のCP中心であったが、現在は重度の児が多くなり、合わせて摂食・嚥下機能にも困難さを抱えており、摂食・嚥下機能訓練対象児が増加している。

入所児は原則的に週１回の個別訓練を実施。訓練内容は摂食・嚥下訓練、発声・発語器官の機能向上と維持を目的とするもの及び言語発達促進（認知、遊戯、課題別、他）、構音訓練、AAC（拡大・代替コミュニケーション訓練）を行っている。摂食・嚥下訓練では言語室あるいは病棟での間接的、直接的訓練に加え、昼食時に食堂へ出向き、看護師、保育士等と一緒に支援している。